امروزه مدلسازی به‌عنوان ابزار مناسب و كارآمد در تعیین و ارزیابی اثرات آلاینده‌های مختلف در مدیریت كیفی پیكره‌های آبی تبدیل شده است. با شناخت كافی از پارامترهای كیفی می‌توان از یك مدل مناسب بهره‌گیری كرد و به شبیه‌سازی كیفی و اقدامات مدیریتی پرداخت. اگر چه مدل‌ها دارای محدودیت‌های خاصی می‌باشند ولی نقش مهمی درکنترل، پیش‌بینی و مدیریت منابع آب دارند. شناخت كامل پدیده‌های كیفی آب و آشنایی با نقاط ضعف و قوت مدل‌ها و مقایسه كارآیی آن‌ها لازمه استفاده از این روش‌ها می‌باشد. حفاظت از رودخانه گرگر که یکی از شاخه‌های رودخانه کارون و منبع تأمین آب برای مصارف خانگی، شرب، کشاورزی و آبزی‌پروری می‌باشد اهمیت بسیاری دارد. از این‌رو اولین گام در مدیریت حفاظت از منابع آب آگاهی همه جانبه از تغییرات کیفی آن‌ها می‌باشد. بدین منظور در این تحقیق از مدل ریاضی QUAL2KW برای شبیه‌سازی کیفی رودخانه گرگر استفاده شد. در ادامه پارامترهای دبی و آمونیوم موجود در رودخانه گرگر به‌وسیله مدل QUAL2KW به صورت ماهانه برای ماه های تیر و مرداد سال 13۹۱ شبیه‌سازی و با معیارهای موجود برای آب کشاورزی مقایسه و ارزیابی گردید